Unity 3.2以降を新しくインストールして、ゲームをビルドすると「Save Assets」のダイアログボックスが表示される場合があります。このダイアログボックスは毎回毎回表示される上に、一々ボタンをクリックしないとビルドが進まないため結構面倒です。
このダイアログボックスはオプションで表示されないようにすることができます。
Edit -> Preferences… -> General -> Verify Saving Assetsのチェックを解除
このオプションは3.2以降でデフォルトでOnになっているので、Preferencesをよく確認しないとなぜ出てくるのか分からなくなります(私の場合です)。
このオプションを解除することでビルド時に修正されたAssetsは自動的に保存され、ビルドが進行されます。